Arnavutköy, İstanbul'un en eski yerleşim yerlerinden biridir. Antik dönemde ismi HESTAI idi. Bizans döneminde önemli bir ibadet merkezi olmuş ve ismi PROMOTU veya ANAPLOUS olarak bilinmektedir. İmparator Konstantin burada içinde mozaik ikonu da bulunan Ayios Mikael kilisesini yaptırtmıştır. Köyün Arnavutköy adını hangi nedenle ve ne zaman aldığı kesinlikle bilinmemektedir. Bir rivayete göre, Fatih Sultan Mehmet'in Arnavutluk'a egemen olmasından sonra yöreden getirilen Arnavutlar bu semte yerleştirilmiştir.

     Bir Arnavut cemaatinin, o zamanlar bakımsız, harap ve yarı metruk olan bu sahile yerleştirilmesinin tarihi olarak 1468 verilmektedir. Osmanlı arşiv belgelerinde Arnavutköy adına ilk kez 1568'de rastlanmaktadır. Arnavutköy'ün daha 16. Yüzyılda İstanbul'un en ünlü mesire yerlerinden biri olduğu; bağları ve bahçeleri bulunduğu; nüfusunun 19. Yüzyıl ortalarına kadar Rum ve Musevilerden meydana geldiği; uzun süreler bakımlı, canlı bir Rum köyü olarak kaldığı bilinmektedir.



       

   Evliya Çelebi, Arnavutköy'den bahsederken "Ekmeğinin ve peksimedinin beyaz, Yahudilerinin sahib-i zevk ve ehl-i saz, Rum Hıristiyanlarının kavmi-i laz, cemaati müslimin gayet az" olduğunu yazar. Şimdi ayakta olan, çoğu bitişik düzen ve üç-dört katlı, ahşap evler geçen yüzyılda yapılmış. Semt meydanındaki Taksiarhes Kilisesi 1870'lerde yapılmıştır. Köydeki ilk cami Sultan II. Mahmut döneminde 1832'de yapılmış, semt karakol binası ise Sultan Abdülmecit döneminde, 1843'te yapılmıştır. 1912 yılına ait kayıtlara göre, Arnavutköy'de 493 Müslüman, 5973 Rum, 342 Ermeni, 32 Musevi ve 642 ecnebi yaşamaktaydı.